ISU PRRSView
PRRSV selection report
August 2024
Recommended Reference Strains
| Strain | Lineage | Distance to Consensus |
|---|---|---|
| 8|PRRSV/swine/Iowa/73979/2024|IA|2024-07-23 | L1H | 17 |
| 22|PRRSV/swine/Iowa/67479/2024|IA|2024-07-05 | L1C.2 | 3 |
| 50|PRRSV/swine/Iowa/70921/2024|IA|2024-07-18 | L1A | 13 |
| 14|PRRSV/swine/Iowa/75923/2024|IA|2024-07-30 | L5A | 0 |
| 1|PRRSV/swine/Wyoming/77219/2024|WY|2024-07-31 | L1D | 0 |
| 60|PRRSV/swine/Iowa/73245/2024|IA|2024-07-18 | L1C.5 | 3 |
Details
Lineage: L1H 8|PRRSV/swine/Iowa/73979/2024|IA|2024-07-23
Distance to consensus: 17 nt
>8|PRRSV/swine/Iowa/73979/2024|IA|2024-07-23
atgttggtgaaatgcttgaccgcgggctattgctcgcaattgccttttttgtggtgtatcgtgccgttctgttttgctgcgctcgtcaacgccagcagcaacagcagctcccacttacaattgatttataacttgacgatatgcgagctgaatggcacagattggctgaatgacaagtttgattgggcagtggagacctttgtcatttttcctgtgttaactcacattgtttcctacggtgccctcaccaccagccacttgcttgacacggtcggtctgatcactgtgtctacagccggctattatcatggacggcatgtgttgagtagcatctatgctgtctgtgccctggccgcgcttatttgttttgtcatcaggttaacgaagaactgcatgtcctggcgctattcttgtaccagatataccaacttcctcctcgacaccaagggcaagctctatcgctggcggtcgcccgtcatcatagagaaaggagggaaagtcgaggttgggaaccacctgattgacctcaagcgagttgtgcttgacggttccgcggcaactccagtaaccagaatttcagcggaacaatggggtcgtccttag
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Lineage: L1C.2 22|PRRSV/swine/Iowa/67479/2024|IA|2024-07-05
Distance to consensus: 3 nt
>22|PRRSV/swine/Iowa/67479/2024|IA|2024-07-05
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Lineage: L1A 50|PRRSV/swine/Iowa/70921/2024|IA|2024-07-18
Distance to consensus: 13 nt
>50|PRRSV/swine/Iowa/70921/2024|IA|2024-07-18
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Lineage: L5A 14|PRRSV/swine/Iowa/75923/2024|IA|2024-07-30
Distance to consensus: 0 nt
>14|PRRSV/swine/Iowa/75923/2024|IA|2024-07-30
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Lineage: L1D 1|PRRSV/swine/Wyoming/77219/2024|WY|2024-07-31
Distance to consensus: 0 nt
>1|PRRSV/swine/Wyoming/77219/2024|WY|2024-07-31
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Lineage: L1C.5 60|PRRSV/swine/Iowa/73245/2024|IA|2024-07-18
Distance to consensus: 3 nt
>60|PRRSV/swine/Iowa/73245/2024|IA|2024-07-18
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