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PRRSV selection report
February 2024
Recommended Reference Strains
| Strain | Lineage | Distance to Consensus |
|---|---|---|
| 20|PRRSV/swine/Illinois/8250/2024|IL|2024-01-25 | L5A | 0 |
| 12|PRRSV/swine/North_Carolina/8585/2024|NC|2024-01-26 | L1A | 3 |
| 71|PRRSV/swine/Iowa/3418/2024|IA|2024-01-11 | L1C.5 | 2 |
| 42|PRRSV/swine/Oklahoma/1930/2024|OK|2024-01-04 | L1H | 19 |
| 2|PRRSV/swine/Iowa/10240/2024|IA|2024-01-31 | L1D | 0 |
| 28|PRRSV/swine/Iowa/2315/2024|IA|2024-01-05 | L1C.2 | 5 |
Details
Lineage: L5A 20|PRRSV/swine/Illinois/8250/2024|IL|2024-01-25
Distance to consensus: 0 nt
>20|PRRSV/swine/Illinois/8250/2024|IL|2024-01-25
atgttggagaaatgcttgaccgcgggctgttgctcgcaattgctttctttgtggtgtatcgtgccgttctgttttgctgtgctcgccaacgccagcaacgacagcagctcccatctacagctgatttacaacttgacgctatgtgagctgaatggcacagattggctagctaacaaatttgattgggcagtggagagttttgtcatctttcccgttttgactcacattgtctcctatggtgccctcactaccagccatttccttgacacagtcgctttagtcactgtgtctaccgccgggtttgttcacgggcggtatgtcctaagtagcatctacgcggtctgtgccctggctgcgttgacttgcttcgtcattaggtttgcaaagaattgcatgtcctggcgctacgcgtgtaccagatataccaactttcttctggacactaagggcagactctatcgttggcggtcgcctgtcatcatagagaaaaggggcaaagttgaggtcgaaggtcatctgatcgacctcaaaagagttgtgcttgatggttccgtggcaacccctataaccagagtttcagcggaacaatggggtcgtccttag
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Lineage: L1A 12|PRRSV/swine/North_Carolina/8585/2024|NC|2024-01-26
Distance to consensus: 3 nt
>12|PRRSV/swine/North_Carolina/8585/2024|NC|2024-01-26
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Lineage: L1C.5 71|PRRSV/swine/Iowa/3418/2024|IA|2024-01-11
Distance to consensus: 2 nt
>71|PRRSV/swine/Iowa/3418/2024|IA|2024-01-11
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Lineage: L1H 42|PRRSV/swine/Oklahoma/1930/2024|OK|2024-01-04
Distance to consensus: 19 nt
>42|PRRSV/swine/Oklahoma/1930/2024|OK|2024-01-04
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Lineage: L1D 2|PRRSV/swine/Iowa/10240/2024|IA|2024-01-31
Distance to consensus: 0 nt
>2|PRRSV/swine/Iowa/10240/2024|IA|2024-01-31
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Lineage: L1C.2 28|PRRSV/swine/Iowa/2315/2024|IA|2024-01-05
Distance to consensus: 5 nt
>28|PRRSV/swine/Iowa/2315/2024|IA|2024-01-05
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