ISU PRRSView
PRRSV selection report
June 2024
Recommended Reference Strains
| Strain | Lineage | Distance to Consensus |
|---|---|---|
| 24|PRRSV/swine/Iowa/50836/2024|IA|2024-05-21 | L1H | 25 |
| 14|PRRSV/swine/Iowa/54711/2024|IA|2024-05-30 | L5A | 0 |
| 147|PRRSV/swine/Iowa/48277/2024|IA|2024-05-09 | L1C.5 | 5 |
| 1|PRRSV/swine/Iowa/56103/2024|IA|2024-05-31 | L1D | 0 |
| 41|PRRSV/swine/Iowa/49497/2024|IA|2024-05-16 | L1A | 11 |
| 16|PRRSV/swine/Iowa/51547/2024|IA|2024-05-15 | L1C.2 | 4 |
Details
Lineage: L1H 24|PRRSV/swine/Iowa/50836/2024|IA|2024-05-21
Distance to consensus: 25 nt
>24|PRRSV/swine/Iowa/50836/2024|IA|2024-05-21
atgttggtgaaatgcttgaccgcgggctgttgctcgcaattgccttttttgtggtgtatcgtgccgttctgttttgctgcgctcgtcaacgc---cagcaacagcagctcccacttacaattgatttataacttgacgatatgcgagctgaatggcacagactggctgaataacaagtttgattgggcagtggagacctttgtcatttttcctgtattaactcacattgtttcctacggcgccctcaccaccagccacttacttgacacggtcggtctgatcactgtgtccaccgccggctattatcatggacggcttgtattgagtagcatctacgctgtctgtgccctggccgcgcttatttgctttgtcatcaggttaacgaagaactgcatgtcctggcgctactcttgtaccagatataccaacttcctcctcgacaccaagggcaagctctatcgctggcggtcgcccgtcatcatagagaaaggagggaaagtcgaggttgggaaccacctgatcgacctcaagagagttgtgcttgacggttccgcggcaactccagtaaccagaatttcagcggagcaatggggtcgtccttag
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Lineage: L5A 14|PRRSV/swine/Iowa/54711/2024|IA|2024-05-30
Distance to consensus: 0 nt
>14|PRRSV/swine/Iowa/54711/2024|IA|2024-05-30
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Lineage: L1C.5 147|PRRSV/swine/Iowa/48277/2024|IA|2024-05-09
Distance to consensus: 5 nt
>147|PRRSV/swine/Iowa/48277/2024|IA|2024-05-09
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Lineage: L1D 1|PRRSV/swine/Iowa/56103/2024|IA|2024-05-31
Distance to consensus: 0 nt
>1|PRRSV/swine/Iowa/56103/2024|IA|2024-05-31
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Lineage: L1A 41|PRRSV/swine/Iowa/49497/2024|IA|2024-05-16
Distance to consensus: 11 nt
>41|PRRSV/swine/Iowa/49497/2024|IA|2024-05-16
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Lineage: L1C.2 16|PRRSV/swine/Iowa/51547/2024|IA|2024-05-15
Distance to consensus: 4 nt
>16|PRRSV/swine/Iowa/51547/2024|IA|2024-05-15
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